Venerdì 31 ottobre 2008, alle 15.30 in punto, il Museo Baroffio e del Santuario ha riaccolto, dopo il lungo restauro, il simulacro ligneo della Madonna di Santa Maria del Monte, "la nostra dona" come la chiamò l'architetto Bartolomeo Gadio alla fine del '400.

Il restauro, eseguito dallo Studio Lotti, è stato diretto da Isabella Marelli della Soprintendenzaper i beni storici, artistici ed etnoantropologici di Milano con la supervisione dell’Ufficio dei beni culturali ed ecclesiastici della diocesi di Milano. L’onere finanziario del delicato intervento è stato interamente sostenuto dalla Banca Popolare di Milano su iniziativa dell’Associazione Amici del Sacro Monte. L’appuntamento è stato utile per capire le ragioni e i criteri del restauro e per conoscere le fasi dell’intervento conservativo: dalle indagini preliminari nei laboratori specializzati ai problemi emersi durante il restauro, dalle soluzioni tecniche adottate all’analisi dei risultati ottenuti.

La statua, raffigurante la Madonna in trono con il Bambino, risale al XIII o XIV secolo. La sua "carnagione" scura  l'ha fatta assimilare alla fitta serie delle "madonne nere", prima fra tutte quella di Loreto ed è stata accostata alle sculture lignee trecentesche di manifattura lombarda, tra le quali si segnalano la Madonna col Bambino esposta nella Pinacoteca Civica di Como, la Madonna con il Bambino conservata nella sagrestia della basilica di S. Martino di Treviglio (Bg), la Madonna con il Bambino donata da papa Paolo VI nel 1978 ai Musei Vaticani. Interessante è il confronto con la Madonna con il Bambino nella chiesa di Santa Maria Annunciata a Oggiona, presso Gallarate, proveniente dalla chiesa di S. Vittore. Il restauro fu avviato nel 2007 con la campagna diagnostica condotta da Teobaldo Pasquali (radiografie) della Panart di Firenze e Luigi Soroldoni (indagini chimico – fisiche). L’opera versava in condizioni critiche e sembrava aver subito un massiccio attacco da parte di insetti xilofagi. Le indagini diagnostiche hanno dimostrato però che i gravi fenomeni di degrado dipendevano dai numerosi e improvvidi interventi di manutenzione (l’ultimo alla fine degli anni ’50 del secolo scorso), spesso attuati con sovrapposizioni di materiali non idonei. 

Dopo l’intervento di disinfestazione in atmosfera modificata (anossia) e il consolidamento del supporto, si è proceduto alla rimozione con solvent gel delle ridipinture più recenti fermando il lavoro al piano cromatico settecentesco, già fortemente lacunoso, corrispondente all’intervento di manutenzione che aveva operato profonde trasformazioni formali con stucchi, camottature (rivestimenti in tela di parti ammalorate) e aggiunte lignee. Benché fosse forte il desiderio di appurare la vera immagine della Madonna del Monte, ha prevalso l’idea di non rischiare di compromettere ulteriormente un’opera d’arte e un’icona religiosa che resta esposta  tutto l’anno sull’altare maggiore del Santuario. Alla presentazione dopo il restauro sono intervenuti monsignor Luigi Stucchi, vicario episcopale e presidente della Fondazione Paolo VI per il Sacro Monte di Varese, don Angelo Corno, arciprete del Santuario di S. Maria del Monte, Isabella Marelli della Soprintendenza per il patrimonio storico artistico ed etnoantropologico di Milano, l'architetto Carlo Capponi dell'Ufficio per i beni culturali ecclesiastici della diocesi di Milano.